Филип Энтони Джонс родился в Престоне, Ланкашир, Англия. В десятилетнем возрасте присоединился к детской команде «Блэкберн Роверс». Впоследствии, пройдя через все юношеские команды клуба, в сезоне 2009-2010 был привлечен в основную команду и подписал первый профессиональный контракт.
Уже тогда Фил обратил на себя внимание скаутов английских грандов. Однако весной 2010 года Фил подписал новый пятилетний контракт с «Роверс». В сезоне 2010-2011 стал основным защитником команды, невзирая на серьезную травму. Уверенная игра юного футболиста убедила рукодство нескольких грандов в необходимости покупки перспективного защитника. Убедительнее всех было предложение «Манчестер Юнайтед», и в июне 2011 года было объявлено о трансфере Джонса в МЮ. За 19-летнего игрока манкунианцы заплатили около 19 млн евро.
Фил Джонс – универсальный защитник, который может сыграть как в центре обороны, так и на обеих флангах. Кроме того, в юношеской команде «Блэкберна» часто играл на позиции опорного полузащитника.