Андер Эррера Агуэра родился 14 августа 1989 года в Бильбао. Футбольную карьеру начинал в клубе «Амистад». В 2008 году появился в числе резервистов «Сарагосы». Профессиональный дебют Эррера совершил во втором испанском дивизионе в сезоне 2008-09, проведя за арагонцев 19 матчей, и помог клубу вернуться в Ла Лигу. 29 августа 2009 года дебютировал в высшем дивизионе чемпионата Испании в матче с «Тенерифе». За этот клуб он провел 82 матча, забил 6 мячей.

7 февраля 2011 года Андер вернулся в родной город, поскольку «Атлетик» из Бильбао заплатил «Сарагосе» 7.5 млн. евро за этого полузащитника и Эррера подписал с этим клубом 5-летний контракт. Отступные по новому контракту футболиста составляли сумму в 36 млн. евро.

Эррера дебютировал в «Атлетике» 18 августа 2011 года и провел за баскский клуб  128 матчей, 11 раз поразив ворота соперника, дойдя с клубом до финалов Лиги Европы и Кубка Короля.

В августе 2013 года «Манчестер Юнайтед» предложил за Эрреру 24 млн. фунтов, но предложение было отклонено «Атлетиком».

26 июня 2014 года  «Атлетик» объявил, что отклонил  очередное предложение «Манчестер Юнайтед», но сам футболист активировал опцию выплаты отступных. Внеся на депозитный счет сумму, прописанную в контракте, в одностороннем порядке расторгнув контракт с испанским клубом. В тот же день «Манчестер Юнайтед» объявил о подписании 4-летнего контракта с  Андером Эррерой.